La station de Trois-Ponts est mise en service, le 20 février 1867, par la Compagnie des chemins de fer de l'Est, l'exploitant des lignes de la Société royale grand-ducale des chemins de fer Guillaume-Luxembourg (GL), lors de l'ouverture à l'exploitation de la ligne de Spa à la frontière via Stavelot et Gouvy.

En 1872 elle est, comme la ligne, nationalisée par l'État Belge qui a racheté les infrastructures à la Compagnie GL.